To «Colony» επικεντρώνεται σε ένα φανταστικό Λος Άντζελες το οποίo βρίσκεται υπό την κατοχή εξωγήινων δυνάμεων. Ως αποτέλεσμα της κατοχής κάποιοι άνθρωποι συνεργάζονται με τις αρχές, ενώ κάποιοι άλλοι με τους αντάρτες που ζητούν την απελευθέρωση της πόλης. Βασικός ήρωας είναι ο Will Bowman, ένας πρώην πράκτορας του FBI ο οποίος προκειμένου να προστατεύσει την οικογένειά του θα ενώσει τις δυνάμεις του με την κυβέρνηση προκειμένου να εξαλείψει κάθε μορφή αντίστασης. Στη διάρκεια της σειράς θα χρειαστεί να κάνει δύσκολες επιλογές προκειμένου από την μία να προστατεύσει την οικογένειά του και από την άλλη να διασώσει την ελπίδα για απελευθέρωση της ανθρωπότητας.