Ένας δημοσιογράφος της Guardian δολοφονείται, ο Jason Bourne επιστρέφει στη Νέα Υόρκη και απειλεί να αποκαλύψει την συνωμοσία και την αλήθεια πίσω από το πρόγραμμα Treadstone ενώ στη CIA έχει σημάνει συναγερμός για να καλυφθεί η παράνομη επιχείρηση. "Ποτέ δεν υπήρξε μόνο ένας", το Treadstone είναι μόνο η κορυφή του παγόβουνου και κάτω από αυτή υπάρχουν και άλλα. Ο επικεφαλής των υπηρεσιών ασφαλείας των ΗΠΑ Eric Byer αποφασίζει τα "ρευστοποιήσει" όλα, με άλλα λόγια να σκοτώσει όλους τους εν ενεργεία πράκτορες της κυβέρνησης, για να εξαφανίσει τα ίχνη και τους δεσμούς μεταξύ τους. Ένας από αυτούς τους πράκτορες είναι o Aaron Cross.